嘉手納ピースアクションやジュゴン保護キャンペーンセンターなど１１団体が４月２６日、沖縄防衛局を訪れて、政府に対して絶滅危惧種ジュゴンの死因と生息実態の調査、それが終了するまでは土砂投入など辺野古新基地建設工事を中止するよう要請した。
ジュゴンは天然記念物で絶滅危惧種。これまで確認されている３頭のうち２頭は行方不明になり、１頭は今帰仁村の漁港で死骸となって発見された。辺野古新基地建設・埋め立て土砂投入による環境悪化が原因とみられている。
仲井真元知事が辺野古埋め立てを許容した承認書の留意事項には「工事中の環境保全対策等について」という１項があり、「特に外来生物の侵入防止対策、ジュゴン、ウミガメ等海生生物の保護対策の実施について万全を期すこと」が明記されている。
１１団体は「日本政府（防衛省・沖縄防衛局）が行った環境影響評価に記した環境保全策が根本から誤ったものであることは明白」と批判。「政府の責任で．早急にジュゴンの死因を訓査し明らかにすること・沖縄島沿岸に生息するジュゴンの生息実態を調査し、その保護策を明らかにすること･死因と実態調査が終了するまでは辺野古新規建設工事(土砂投入等の一切)を中止すること」を政府に求めた。
（１１団体は五十音順で次の通り。泡瀬干潟を守る連絡会、沖縄環境ネットワーク、ＮＰＯ法人奥間川流域保護基金、嘉手納ピースアクション、具志川９条の会、ジュゴンの里、ジュゴン保護キャンペーンセンター、ダイビングチーム・レインボー、ちゅら海を守り活かす海んちゅの会、ヘリ基地反対協議会、琉球諸島を世界遺産にする連絡会）